بخش تحقیقات خاک و آب سیستان (زابل) از سال 1366 با راه­ اندازی آزمایشگاه خاک و آب فعالیت خود را شروع نمود و در سال 1368 به بخش ارتقا یافت. در حال حاضر این بخش با تعداد 9 نفر نیروی هیات علمی، کارشناس و خدماتی شامل (2 نفر عضو هیئت علمی و 5 نفر محقق) و یک آزمایشگاه مجهز و فعال در زمینه آزمایشات خاک، آب و گیاه، در حال انجام تحقیقات در زمینه­های مختلف خاک، آب و گیاه می­باشد.

- انجام تحقيقات كاربردي و بنيادي مربوط به خاك، آب و گياه

- انجام تحقیقات در زمینه حاصلخیزی خاک و تغذیه گیاه

- انجام تحقيقات در زمينه مدیریت مواد آلي در اراضي كشاورزي

- تحقيقات در زمينه توصيه و افزايش كارآيي مصرف كودها در اراضي كشاورزي، بسترهاي كشت بدون خاك و گلخانه‌ها

- انجام تحقيقات در زمينه پايش كيفيت خاك در اراضي كشاورزي و روش‌هاي مناسب حفاظت خاک

- تحقيق در زمينه شناسايي ميزان آلودگي منابع خاك و آب، ابعاد و سطوح گسترش آنها در اراضي كشاورزي و رفع آنها

- انجام تحقيقات به منظور تعيين نياز آبي گیاهان

- انجام تحقيقات در زمينه برنامه ­ریزی مناسب آبیاری برای توليد محصولات كشاورزي با هدف مصرف بهینه آب و افزایش کارایی مصرف آب

- انجام تحقيقات در زمينه روابط آب، خاک و گیاه و ویژگیهای فیزیکی خاک

- انجام تحقيقات در زمينه بيولوژي و ميكروبيولوژي خاك و كودهاي بيولوژيك

- انجام تحقيقات در زمینه تحمل گياهان به تنش‌هاي محيطي

- تحقیق در زمینه بکارگیری فن­آوری­های نوین به منظور ارتقای مدیریت منابع خاک و آب کشاورزی

- تهیه نقشه های خاکشناسی و بررسی خصوصیات فیزیکی، شیمیایی خاک و تعیین استعداد و قابلیت اراضی دشت سیستان

- تحقیقات در زمینه تعیین نیاز آبی، رژیم های آبیاری و روش های بهبود مدیریت مصرف آب در مزرعه 

- مطالعه و تحقیق در خصوص روابط آب و خاک و گیاه در شرایط تنش های محیطی (شوری و خشکی)

- انجام تجزیه های فیزیکی و شیمیایی نمونه های آب، خاک، گیاه و کود