بخش تحقیقات  زراعی و باغی یکی از بخش های تحقیقاتی مصوب سازمان تحقیقات در ساختار تشکیلات  جدید برای مرکز تحقیقات سیستان می باشد . این بخش از قدیمی ترین بخش های تحقیقاتی مرکز  محسوب می گردد. فعالیت های این بخش از سال 1339 تحت عنوان  ایستگاه نهال و بذر در زابل و  اداره اصلاح  بذر و نهال  در اداره کل کشاورزی استان آغاز گردید. در طی سال های 1353-1352 بدنبال ایجاد مرکز تحقیقات کشاورزی سیستان، فعالیت های نهال و بذر  در ایستگاه زابل به صورت  بخش تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر در این مرکز تغییر نام یافت. در طی سال های 1365-1364  سطح تشکیلات مرکز به ایستگاه  تحقیقات کشاورزی تنزل یافت اما فعالیت های این بخش با همان نام ادامه پیدا نمود. این بخش در سال 1394 با استقلال موسسه تحقیقات باغبانی به نام بخش تحقيقات زراعی و باغی مرکز تغییر نام یافت. بخش با بیش از 5 دهه فعالیت در زمینه محصولات زراعی و باغی ، نقش تعیین کننده  و مهمی در افزایش کمی و کیفی محصولات کشاورزی منطقه سیستان داشته است.

این بخش دارای 6 واحد تحقیقاتی شامل غلات، دانه های روغنی، ذرت وگیاهان علوفه ای، باغبانی، سبزی و صیفی و بانک ژن گیاهی می باشد. در سال 1352  واحد غلات، در سال 1369 واحد ذرت و گیاهان علوفه ایی،  سال 1370، واحد سبزی و صیفی، سال 1372 ، واحد دانه های روغنی، سال 1372 واحد باغبانی و سال 1383 واحد بانک ژن گیاهی آغاز به کار نمودند.تحقیقات باغبانی و سال 1383  واحد تحقیقات بانک ژن ژنتیک آغاز به کار نمودند.

با عنایت به شرح وظایف ملی و برنامه ریزی های انجام شده منطقه ایی  جهت  بهبود وضعیت تولیدات کشاورزی  در سطح منطقه  و کشور  این بخش تحقیقاتی اهداف و وظایف زیر را دنبال کرده و می نماید. 

- پتانسیل یابی کشت محصولات مختلف زراعی و باغی درشرایط آب و هوایی منطقه در جهت  تنوع بخشی به  نظام  زراعی و الگوی کاشت موجود و جدید در منطقه

- انجام فعالیت مستمر و هدفمند در جهت ایجاد ، انتخاب و معرفی ارقام گیاهی  اصلاح شده جدید و برتر براساس نیاز  منطقه ایی و ملی

- انجام فعالیت هـاي به زراعي و فیزیولوژیک در جهت توصیه مناسبترین فاکتورها و راهکارهای  مزرعه ایی موثر در افزایش تولید محصولات زراعی و باغی در شرایط تنش و عدم تنش

- حفظ خلوص ژنتیکی و تكثير ارقام گیاهی اصلاح شده در سطوح مختلف بذری (هسته های اولیه بذری ، پرورده 1، 2، 3، الیت ، مادری و گواهی شده  بر اساس نیاز سالیانه و در راستای برنامه های اقتصاد مقاومتی

- حفاظت و احیای منابع ژنتیکی گیاهی زراعی و باغی، تولید بذر در طبقات بذری و حفظ هسته های اولیه بذر و نهال و تلاش در جهت تعيين اولويت هاي جديد تحقيقاتي با عنايت به شرايط و عوامل محدود كننده توليد در منطقه و ارائه مشاوره های فنی